La principal ruta de autobús que pasa por El Parque Nacional El Boquerón es la Ruta 103-B que sale desde Santa Tecla y finaliza cerca del parque, por lo que siempre se tendrá que caminar un poco.
Desde el Occidente del país
La mejor opción para llegar al parque si se viaja desde el Occidente del país es tomar las rutas departamentales y bajar en Santa Tecla.
Desde Santa Ana puedes tomar la Ruta 201 desde Terminal TUDO y bajar en el camino cerca de Paseo El Carmen. Luego se deberá caminar hasta el Punto de la Ruta 103-B sobre la Primera Avenida Norte. Desde ahí se puede tomar esta ruta para ir al Parque Nacional El Boquerón.
Para llegar al Parque Nacional El Boquerón desde Sonsonate tienes que viajar en la Ruta 205 y bajar en Santa Tecla, caminas hasta el Punto de l Ruta 103-B y te diriges hasta El Boquerón.
Desde el Centro
Si se viaja desde el Centro del país la forma de viajar es muy parecida, desde San Salvador puedes tomar la Ruta 101-D, que pasa por Metrocentro San Salvador, una vez en Santa Tecla tomas la Ruta 103-B y te diriges al Parque Nacional El Boquerón.
Desde el Oriente del país
Para visitar el Parque Nacional El Boquerón desde el Oriente del país se debe buscar llegar a Santa Tecla desde las distintas terminales.
Si viajas desde San Miguel, primero debes tomar la Ruta 301-A que se dirige a la Terminal del Sur en San Marcos, San Salvador; de ahí te puedes dirigir en la Ruta 8-A hacia la Terminal de Occidente, desde ahí puedes tomar cualquier bus Interdepartamental que se dirija a Santa Tecla, o tomar la Ruta 34-B, bajar en Multiplaza y desde ahí tomar la Ruta 101-D hasta Santa Tecla donde buscarán el Punto de la Ruta 103-B y subirán hasta El Boquerón.
Para llegar al Parque El Boquerón desde La Unión deberás llegar en la Ruta 304 a la Terminal Nuevo Amanecer en San Salvador, desde ahí puedes tomar cualquier ruta que te dirija al Centro de San Salvador y en la parada cerca del Depósito de Telas puedes tomar la Ruta 101-B